I have visited the bolded museums.
Aquarium Tropical de la Porte Dorée
Arc de Triomphe
Musée de l’Armée – Tombeau de Napoléon 1er
Centre Pompidou – Musée national d’art moderne
Musée national des Arts asiatiques – Guimet
Musée des Arts décoratifs
Musée de la Mode et du Textile
Musée de la Publicité
Musée Nissim de Camondo
Musée des Arts et Métiers
Musée de l’Assistance Publique – Hôpitaux de Paris
Musée du quai Branly
Chapelle expiatoire
La Cinémathèque française – Musée du Cinéma (for the Tim Burton Exposition)
Cité des Sciences et de l’Industrie – La Villette
Conciergerie
Musée national Eugène Delacroix
Musée des Égouts de Paris
Musée d’Ennery*
Musée Galliera – Musée de la Mode de la Ville de Paris
Musée Hébert*
Musée Jean-Jacques Henner*
Musée de l’Institut du Monde arabe
Musée d’art et d’histoire du Judaïsme
Musée du Louvre
Musée national de la Marine
Musée de la Monnaie
Cité de l’Architecture et du Patrimoine – Musée des Monuments français
Musée Gustave Moreau
Musée national du Moyen Âge – Musée de Cluny
Cité de la Musique – Musée de la Musique
Crypte archéologique du Parvis de Notre-Dame
Tours de Notre-Dame
Musée national de l’Orangerie
Musée de l’Ordre de la Libération
Musée d’Orsay
Panthéon
Musée national Picasso Closed
Musée des Plans-reliefs
Musée de la Poste
Musée Rodin
Sainte-Chapelle
The Paris city museums:
Zadkine
Deportation Memorial
Balzac’s House
Cognacq-Jay
Romantic Life
Carnavalet
Victor Hugo’s House
Palace of Justice
Modern Art
Petit Palais